Las aguas subterráneas han cobrado importancia en la Región a partir del siglo XVIII. En el siglo XIX se realizaron en toda España sondeos para la captación de agua. La cuenca del Segura, en este sentido, ha sido de las primeras en la investigación y explotación de aguas subterráneas, especialmente en el presente siglo. Esto ha permitido que zonas tradicionalmente de secano se transformaran en zonas de regadío, con el consiguiente desarrollo económico de la Región. Sin embargo, la escasa planificación de las extracciones ha derivado en una situación de sobreexplotación, que se concentra especialmente en las zonas oriental y meridional de la Región donde las condiciones climáticas permiten el desarrollo de una agricultura moderna, a las que se destina una buena parte del caudal de las aguas subterráneas.

La catalogación de los acuíferos de la Región se puede realizar según los valores de sobreexplotación y su déficit:

· Acuíferos con déficit mayor de cero, pero sin sobreexplotación: se encuentran en una situación sostenible. En estos se incluyen algunos acuíferos de la unidad hidrogeológica Campo de Cartagena, y acuíferos conectados hidráulicamente con cauces superficiales (Vega Alta, parcialmente El Molar y El Argos).

· Acuíferos con déficit y sobreexplotación: su situación no se puede mantener indefinidamente en el tiempo. Algunos de estos acuíferos son los del Alto y Bajo Guadalentín, Ascoy-Sopalmo, Jumilla-Villena, Los Molares-Lorente y Vaqueros.

· Acuíferos sin déficit ni sobreexplotación: están en equilibrio; se pueden mantener indefinidamente. En esta situación se encuentran la mayor parte de los acuíferos integrados en el dominio hidrogeológico del Subbético y en el de las sierras de Cazorla y Segura.