Calnegre se encuadra en los relieves metamórficos de colores oscuros de la Loma de Bas que, mediante fuertes pendientes, vierten hacia el mar, formando una costa abrupta y acantilada, salpicada de pequeñas calas y cauces de ramblas que en su camino al mar tienen que encajarse para alcanzar el nivel de base marino. Domina una vegetación de matorral compuesta por cornical, matagusanos y arto (Periploca angustifolia, Senecio flavus y Zizphus lotus), y especies de “Interés especial” como Limonium insigne (siempreviva), Lycium intricatum (cambrón) y Teucrium freynii. Aparece la microrreserva botánica Pastizales y Fruticedas del Císcar, que constituye una de las dos poblaciones europeas conocidas de Enneapogon persicus, además de numerosos iberoafricanismos y endemismos muy raros en Europa.

La zona acoge importantes y diversas comunidades faunísticas, constituyendo un enclave de cierta relevancia para determinadas especies. Por ejemplo, el halcón peregrino (Falco peregrinus) y el búho real (Bubo bubo) se reproduce en el interior del LIC y posiblemente este espacio además forme parte del área de campeo de una pareja de águila azor-perdicera (Hieraaetus fasciatus). No resultan menos destacables los singulares taxones de paseriformes de óptimo desertícolas, caso de la collalba negra (Oenanthe leucura) o del camachuelo trompetero (Bucanetes githagineus). A esta gran diversidad ornítica, se suman algunas especies de escasamente distribuidas como la tortuga mora (Testudo graeca). Existen elementos destacables de escasa distribución y/o amenazados como sapo corredor y eslizón ibérico (Chalcides bedriagai) o, habitualmente en zonas con matorrales y áreas de playa respectivamente. Entre los mamíferos presentes en el LIC destacan el tejón (Meles meles), la gineta (Genetta genetta) y el zorro (Vulpes vulpes), además resulta posible la presencia de la garduña (Martes foina).