El conocimiento sobre el estado de la biodiversidad en relación con el sector agrario en España ofrece un diagnóstico de pérdida de biodiversidad, consistente con los datos recogidos a un nivel mundial. Las causas de los problemas ambientales se han tipificado como:

• Tendencias en la orientación de los cultivos
• Intensificación de las explotaciones agrarias
• Uso de fertilizantes
• Uso de fitosanitarios
• Intensificación de la producción ganadera
• Abandono de las explotaciones agrarias
• Uso del agua
• Erosión del suelo
• Emisión de gases de efecto invernadero
• Generación de residuos

Ello ha hecho que exista una fuerte presión sobre el sector agrario para incorporar los principios de conservación del medio ambiente en sus políticas. En el contexto internacional destaca, especialmente, las indicaciones del Convenio de Diversidad Biológica, con su programa para la biodiversidad agraria, pero también es de interés el trabajo de la OCDE para ofrecer información rigurosa sobre las políticas en este sentido y los mecanismos de seguimiento y evaluación. 

En el ámbito del desarrollo rural, el Reglamento (CE) 1698/2005 del Consejo, de 20 de septiembre de 2005, relativo a la ayuda al desarrollo rural a través del Fondo Europeo Agrícola de Desarrollo Rural (FEADER) ha establecido unas bases coherentes para la programación, planificación, gestión y financiación del medio rural, desde los principios de la competitividad de los mercados de los productos agrícolas y del desarrollo sostenible y mejora de la situación ambiental. 

El asesoramiento para el cumplimiento de la condicionalidad, las ayudas para paliar el lucro cesante o la pérdida de renta como consecuencia del cumplimiento de normas más exigentes que la condicionalidad, relativas a la Directiva Marco del Agua, y a la Red Natura 2000 y el apoyo económico para fomentar los contratos voluntarios con propietarios para una gestión de las explotaciones más favorables para el medio ambiente y la conservación de la biodiversidad son medidas que conviene impulsar de forma generalizada y continua, para que sus efectos contribuyan a paliar la pérdida de diversidad genética, la pérdida de suelos, el uso excesivo e ineficiente del agua y los efectos del cambio climático, de acuerdo con la Directrices Estratégicas Comunitarias para el Desarrollo Rural (Decisión del Consejo, de 20 de febrero de 2006) a las que se deben atener todos los Estados Miembros. 

El Reglamento pretende una aproximación a la equiparación de la gestión agrícola/ganadera y la gestión forestal, ya sea en lo relativo a la producción y comercialización, como para la gestión sostenible del territorio, congruente con la composición del medio rural que, en España, presenta en una gran extensión un mosaico agrícola/forestal, difícil de deslindar. Esta concepción responde mejor al funcionamiento de los procesos ecológicos que rigen la existencia de hábitats y especies silvestres, y se identifica más directamente con los paisajes españoles y con la conectividad necesaria, por ende, para el mantenimiento y mejora de la biodiversidad. Precisamente, para el fomento de la conectividad y mejora ambiental en el campo español, de forma diferenciada a la red Natura 2000, se introduce el concepto de Áreas agrarias de Alto Valor Natural, que debe traducirse en unos indicadores que muestren el progreso en la consecución de esos objetivos. El desarrollo del concepto y la definición y caracterización de los territorios de alto valor natural se ha empezado a trabajar en España, siguiendo las iniciativas de la Agencia Europea de Medio Ambiente y de la Comisión Europea, con el apoyo del IEEP. 

Desde la perspectiva de la conservación del medio natural se desea que los habitantes de las poblaciones rurales adopten medidas concretas y de conservación de su entorno, de los recursos de su entorno y de los medios de vida que han emparejado la naturaleza y la cultura, y que por ello reciban los necesarios ingresos para su mantenimiento. En otras palabras, se trataría de que la política agraria y de desarrollo rural lleven implícitas la conservación de los valores y recursos naturales.