El área se encuentra situada al sudeste de la Región de Murcia, limitando en su extremo septentrional con la provincia de Alicante. Hacia el Este y el Sur incluye el Parque Regional de las Salinas y Arenales de San Pedro del Pinatar, continua abarcando una porción de la franja litoral sumergida del Mediterráneo, así como las Islas Grosa, Farallón y Hormigas. El límite occidental sigue la línea de costa interior de la laguna del Mar Menor, abarcando toda la laguna y sus islas; e incorporando también las zonas húmedas del Carmolí, Lo Poyo y La Hita, Marchamalo y Amoladeras. El límite meridional abarca la franja litoral sumergida comprendida entre Cabo de Palos y Cabo Negrete.
 

    Tiene una superficie aproximada de 27.503 hectáreas, con 59 kilómetros de costa. Incluye una gran variedad de hábitats marinos y terrestres, destacando entre los primeros las praderas de Posidonia oceanica.
 

    Otras características singulares de la vegetación terrestre de la zona son las formaciones vegetales de dunas, arenales y saladar. En esta zona, se presenta el único sabinar de dunas (Juniperus turbinata) que sobrevive en la Región, siendo también poco abundante en el resto de la Península. Esta comunidad es prioritaria para la Red Natura 2000 y supone un interesante resto de la antigua vegetación arbustiva que cubría amplias zonas de dunas costeras en la Región. Destaca también, por su buen estado de conservación, la vegetación fruticosa de ambientes salinos y una buena variedad de comunidades propias de dunas costeras. Se presentan, además, juncales, pastizales halófilos y el tarayal. Son especies de interés los elementos mediterráneos Sarcocornia alpinii, Juniperus turbinata, Pancratium maritimum, Aetheorhiza bulbosa, Triplachne nitens, Pseudorlaya pumila y los endemismos murciano-almerienses Helianthemum marminorensis, Frankenia corymbosa.
 

    Las islas del Mar Menor suelen presentar matorral, destacando la Isla Mayor con un palmitar muy bien conservado. Las Islas del Ciervo y Redonda tienen buenas representaciones de cornicales, tomillares y formaciones de Whitania y Lycium intricatum muy interesantes. Existen en conjunto numerosos endemismos (Limonium delicatulum, Limonium x arenosum, Teucrium freynii, Teucrium carthaginense, Sideritis pusilla subsp. carthaginensis) e iberoafricanismos (Caralluma europaea, Periploca angustifolia, Maytenus senegalensis, Tamarix boveana, Brassica tourneforti, Ammochloa palestina) así como diversos elementos terminales (Asplenium billotii, Polypodium cambricum, Othantus maritimus, Asparagus maritimus).
 

    Entre las especies incluidas en el anexo II del Protocolo están presentes en el ZEPIM:

 7 aves (Padion haliaetus, Calonectris diomedea, Hydrobates pelagicus, Larus audouinii, Phoenicopterus ruber, Sterna albifrons, Sterna sandvicensis)
 

5 plantas marinas (Posidonia oceanica, Zostera nolti, Cystoseira mediterranea, Cystoseira spinosa, Cystoseira zosteriodes)
 

13 invertebrados marinos (Thetya sp., Ophidiaster ophidianus, Dendropoma petraeum, Lithofaga, lithofaga, Pholas dactylus, Luria lurda, Erosaria spurca, Charonia lampas, Centrostephanus longispinus, Asterina pancerii, Astroides calycularis, Axinella polypoides, Pinna nobilis)
 

2 peces (Aphanius (Lebias) ibera, Hipppocampus hippocampus)
 

2 reptiles (Caretta caretta, Dermochelys coriacea)
 

2 mamíferos (Delphinus delphis, Tursiops truncatus)
 

    La zona presenta la mayor población de Fartet (Aphanius (Lebias) ibera) de la Región de Murcia. Es una zona de importancia para las aves acuáticas, sobre todo para Cigüeñuela común (Himantopus himantopus), Garceta común (Egretta garzetta), Terrera marismeña (Calandrella rufescens), Avoceta común (Recurvirostra avosetta), Charrancito común (Sterna albifrons) y Pagaza piconegra (Gelochelidon nilotica).Las Islas Hormigas destacan por albergar una importante colonia nidificante de Paiño común (Hidrobates pelagicus melitensis).
    También son interesantes las poblaciones de Pardela cenicienta (Calonectris diomedea) y la Gaviota de audouin (Larus audouinii), siendo la Isla Grosa una de las colonias más importantes del mundo para esta especie.
Entre los reptiles marinos destaca la Tortuga boba (Caretta caretta) y entre los mamíferos el delfín mular (Tursiops truncatus).