La protección del medio ambiente es una de las dimensiones clave del desarrollo sostenible. La financiación de actuaciones y proyectos que la Dirección General de Medio Ambiente recibe de la Unión Europea, para el periodo del Progama Operativo 2014-2020, se realiza a través de los instrumentos financieros horizontales como son el Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER), donde entre sus objetivos está la  Cooperación territorial basado en la experiencia de la iniciativa comunitaria INTERREG, y el Fondo Europeo Agrícola de Desarrollo Rural (FEADER) donde, entre otros, el Fondo contribuye a mejorar la competitividad de la silvicultura y el medio ambiente.

Además de estos instrumentos, algunos proyectos se encuentra financiados por el instrumento financiero para el medio ambiente (LIFE+), cuyo objetivo es facilitar la integración del medio ambiente en las demás políticas para lograr un desarrollo sostenible en la Unión Europea, y por el Espacio Económico Europeo, a través del proyecto Replant.

El proyecto "INHERIT", de "Estrategias de Turismo Sostenible para Conservar y Valorizar el Patrimonio Natural Costero y Marítimo Mediterráneo", pretende aliviar las presiones ejercidas por las actividades turísticas sobre las áreas del patrimonio natural costero MED.

Por último, la propuesta de Reglamento relativa al acceso a los recursos genéticos y a la participación justa y equitativa en los beneficios que se deriven de su utilización (Protocolo de Nagoya)